Sekretariat (J1)

Bertanggungjawab dalam tugas-tugas sekretarial seperti pentadbiran, urusan protokol dan melakukan tugas-tugas koordinasi seperti menjadi anggota dalam pelbagai jawatankuasa dan lembaga ATM.

Bahagian Operasi & Latihan (J3)

Bahagian ini dibahagikan kepada tiga cawangan iaitu Bilik Gerakan Pertahanan, Cawangan Latihan dan Cawangan Pemetaan. Bahagian ini bertanggungjawab dalam merancang, mengkoordinasi dan mengawasi latihan-latihan yang dijalankan bersama dengan agensi-agensi kerajaan yang lain atau dengan angkatan tentera luar negeri. Setakat ini beberapa latihan dan eksesais dua hala dan berbilang hala telah berjaya dilaksanakan. Antara negara-negara yang terlibat ialah Amerika Syarikat, Australia, New Zealand, United Kingdom dan negara-negara ASEAN.

Bahagian Logistik (J4)

Bahagian Logistik Pertahanan ini telah ditubuhkan untuk memenuhi keperluan Logistik Tiga Khidmat di dalam aspek-aspek Operasi, Latihan dan Pentadbiran. Ia memainkan peranan untuk merancang,pembangunan, penggubalan dasar, bantuan dan latihan bersama/gabungan, pergerakan dan pengangkutan bersama/gabungan, penyelarasan dan pengurusan sumber-sumber logistik di dalam ATM. Bahagian ini diketuai oleh Asisten Ketua Staf (AKS) berpangkat Brigedier Jeneral atau setaraf. Bahagian ini mempunyai tujuh Cawangan di bawahnya dan piagam bagi setiap satu adalah seperti berikut: